相对首轮评估，审核评估是一个超越，是我国高等教学评估实践的进步与发展，也是我国高等教育质量保证体系的进步与发展。要上一个新台阶，就会面临新问题。就新一轮审核评估实施而言，有如下4方面的问题需重视。
- 校内质量保证体系
质量形成于过程，保证质量靠的是质量保证体系。审核评估重在过程，而其指向质量保证体系。也就是说，审核评估不是直接评质量（结果），而是前移至过程，通过评质量保证体系来间接评质量。这也是国（境）外高等教育评估的一个重要趋势。尽管首轮本科教学评估有力地促进了教学管理，高校初步建立了内部质量保证体系，但还不完善。我国高校的内部质量保证体系，还只停留在教学管理层面，只是对教学环节进行质量监控的一种手段，缺乏对人才培养的顶层设计和资源保障，没有涵盖人才培养的全过程和所有要素。此外，我国高校的内部质量保证体系只是初步具备了监督、调控功能，但缺乏改进功能。一个具有完善功能的内部质量保证体系应该具备“闭环”特征，即通过监督功能发现偏差，通过调控功能纠正这些偏差，再通过改进功能分析产生这些偏差的原因，并对系统进行改进。通过审核评估，引导高校完善内部质量保证体系，是新一轮评估的主要目标。
- 人才培养质量标准
质量标准是国家对高等教育人才培养质量的最低要求。它有两个层面：学历学位标准和学科专业标准；前者与后者是上、下位关系。质量标准是审核评估的重要依据。学历学位标准是由不同“层次”（纵向维度）和“类型”（横向维度）所构成的质量标准体系。纵向维度包括学士、硕士和博士等三个层次，横向维度包括一级和二级维度。其中一级维度包括各学科门类，二级维度包括人才培养类型（如学术型、应用型等）。我国现有的学位标准过于宏观，且横向分类不够。学科专业标准是以《学位授予和人才培养学科目录》和《普通高等学校本科专业目录》为依据，形成的相应学科（对于研究生）和专业（对于本科生）的质量标准。该质量标准按不同学科专业和人才培养类型也形成了一个标准体系，该标准体系是学历学位标准体系在学科专业层面上的具体化。我国目前的学科专业标准尚不完善。在学校层面，要根据国家层面的人才培养质量标准，制定人才培养标准。学校的培养标准应符合学校的培养目标。培养目标是学校人才培养的行动纲领，培养标准是学校人才培养的行动准则。培养目标的达成需要用培养标准来衡量，满足培养标准就意味着能够达到培养目标。培养标准包括专业毕业要求（或与此相当的质量标准）和课程（包括各主要教学环节）教学要求（或与此相当的质量标准）两个层面。学校应根据培养目标制定相应专业的毕业要求，再根据专业毕业要求制定相应的课程教学要求，由此形成学校本科培养的标准体系。
- 评估专家的遴选与培训
审核评估是一个基于事实判断的同行专家评审过程。它不是用一把统一的尺子去量所有的学校，而是用学校自己的尺子去量学校自身。也就是说，对于每一所学校，评估专家都要面临新问题。此外，审核评估除了首轮评估所关心的“量得准不准”的问题外，还要关心“尺子对不对”的问题，所以对评估专家的要求更高了。因此，评估专家的遴选与培训，是审核评估成功的关键因素之一。评估专家组成除了教育教学专家外，适当考虑系统外（例如企业）专家和学生参与，也是国（境）内外高等教育评估发展的一个趋势。
- 信息系统
普通高校办学状况信息系统不仅是高等教育质量保证体系建设的重要内容，而且与审核评估也有互补作用。院校收集、利用和公布信息，已经成为国外审核评估的重要内容。我国正在研制普通高等学校本科教学状态数据库，这对信息系统建设具有重要意义。但尚需从有效性（例如突出核心数据）、完整性（例如不限于本科教学）和可靠性（例如保证原始数据的真实性）等方面进行改进。
